一、机构设置
　　山东黄河三角洲国家级自然保护区管理局，为隶属市政府、归口林业局监督管理类事业单位，加挂东营市黄河口生态旅游区管理委员会办公室牌子，负责山东黄河三角洲国家级自然保护区的管理工作和生态旅游区的管理委员会的相关工作；正县级，经费实行财政拨款。
　　二、职责任务
　　自然保护区管理局职责任务
　　1、贯彻执行国家有关自然保护区的法律、法规和政策。
　　2、对山东黄河三角洲国家级自然保护区实施统一管理，拟定保护区发展规划和各项管理制度并组织实施；制止违反国家有关自然保护区法律、法规和政策的行为、并提出处理意见。
　　3、受市林业局委托，管理保护区内的林木资源，审核进区单位和人员施工作业护林防火预案，办理市护林防火指挥部办公室的批准施工手续；审核进区单位和人员占用林地、办理采伐林木许可证，依法处理有关涉林案件。
　　4、开展自然资源调查，组织环境监测，依法保护和管理保护区内的自然环境和自然资源；组织开展保护自然资源和自然环境的宣传教育活动。
　　5、组织关于植被、土壤、气象、生态等方面的科学考察和研究；加强社会合作，组织开展科学实验、教学实习和参观考察等活动，探索自然演变的规律和合理利用资源的途径。
　　6、组织对珍稀动、植物生态的观察研究，负责珍稀动、植物物种资源的引进、驯化、保护和发展，拯救濒于灭绝的物种。
　　7、在不影响保护区自然环境和自然资源的前提下，开展生态旅游。
　　8、负责本单位及单位职责范围内的安全工作。
　　9、承办市委、市政府及市林业局交办的其他事项。
　　黄河口生态旅游区管理委员会办公室主要职责
　　1、负责落实市委、市政府和管委会有关决策事项；
　　2、市政府和管委会有关决策事项；
　　3、负责旅游区内旅游项目建设规划的审核；
　　4、负责旅游区内旅游市场的监督管理；
　　5、负责景区内的宣传、推介和招商。