根据上述职责,市海洋与渔业局设4个职能科室。
　　(一)办公室(挂政策法规科牌子)
　　组织协调局机关日常工作;负责局机关文电、信息、宣传、档案、机要、保密、信访、督查、接待、会务、政务公开、综合治理、计划生育及综合性文稿起草工作;负责局机关和直属单位的党群、机构编制、人事管理、教育培训及离退休人员管理服务等工作;负责海洋与渔业应急管理工作;草拟海洋与渔业发展的政策;承担海洋与渔业行政执法监督、行政复议、行政应诉工作;负责海洋与渔业普法宣传、执法人员培训等工作。
　　(二)规划财务科
　　草拟海洋与渔业发展规划,编制年度计划;负责海洋与渔业项目的立项审核、申报及项目管理工作;组织编制部门预决算,监督管理预算执行;负责局机关财务、国有资产管理工作,指导局直属单位财务、国有资产管理工作;承担海洋与渔业经济统计、核算工作。
　　(三)海域管理与海洋利用科(环境保护与预报减灾科与其合署)
　　草拟全市海域使用和海岛管理的政策与技术措施,组织编制全市海洋主体功能区规划、海洋功能区划、海岸带和海岛保护与利用规划并监督实施;组织实施海域使用许可和海域有偿使用制度;承担海域界线的勘定和管理工作;负责管辖海域海底电缆管道铺设的审核报批工作;负责综合协调海洋事务和各涉海部门、行业的海洋开发利用活动;负责海洋经济运行的有关工作。草拟全市海洋与渔业环境保护规划并组织实施;组织海洋与渔业水域环境的调查、监测、监视与评价;组织并核准海洋工程、涉渔工程环境影响评价,审核海岸工程环境影响评价;承担海洋工程建设项目排污费收缴、海洋倾废等污染防治工作;负责海洋与渔业污染事故的调查处理、生态损害赔(补)偿工作;监督管理海洋自然保护区和海洋特别保护区;组织开展海洋领域节能减排和应对气候变化工作;承担海洋观测、预报和评价的管理工作,组织编制海洋灾害和海平面公报;组织协调渔业紧急救灾和灾后生产恢复。
　　(四)渔业科
　　草拟全市渔业养殖、增殖、苗种生产、水产品加工业、海洋与渔业科技发展规划并组织实施;指导渔业捕捞生产,草拟渔业产业化和渔民专业合作组织发展的政策措施;负责水产种质资源管理,指导水产原良种场建设,组织实施养殖证和渔业苗种生产许可证制度;组织开展水生动物防疫检疫和水生动植物病害防控工作;指导水产品流通和对外经贸工作;拟订水产品质量标准和技术规范并组织实施,承担水产品质量安全监督管理工作;负责无公害水产品管理的有关工作,指导水产品品牌培育和质检体系建设;组织开展渔业节能减排工作;组织实施海洋基础与综合调查;组织实施海洋与渔业领域的高新技术和应用技术研究、成果转化和技术推广;负责海洋与渔业外事工作,监督执行海洋与渔业有关的国际公约、条约、协定;负责海外(远洋)渔业开发与管理工作。
　　四、人员编制
　　市海洋与渔业局机关编制总额16人。其中,行政编制14人,工勤人员编制2人。配备局长1名、副局长3名;内设机构科级领导职数5名。
　　五、其他事项
　　海洋与渔业部门管理海岸线以下海域和海岸线以上与潮间带相连的用于养殖的荒滩。　　根据上述职责,市海洋与渔业局设4个职能科室。
　　(一)办公室(挂政策法规科牌子)
　　组织协调局机关日常工作;负责局机关文电、信息、宣传、档案、机要、保密、信访、督查、接待、会务、政务公开、综合治理、计划生育及综合性文稿起草工作;负责局机关和直属单位的党群、机构编制、人事管理、教育培训及离退休人员管理服务等工作;负责海洋与渔业应急管理工作;草拟海洋与渔业发展的政策;承担海洋与渔业行政执法监督、行政复议、行政应诉工作;负责海洋与渔业普法宣传、执法人员培训等工作。
　　(二)规划财务科
　　草拟海洋与渔业发展规划,编制年度计划;负责海洋与渔业项目的立项审核、申报及项目管理工作;组织编制部门预决算,监督管理预算执行;负责局机关财务、国有资产管理工作,指导局直属单位财务、国有资产管理工作;承担海洋与渔业经济统计、核算工作。
　　(三)海域管理与海洋利用科(环境保护与预报减灾科与其合署)
　　草拟全市海域使用和海岛管理的政策与技术措施,组织编制全市海洋主体功能区规划、海洋功能区划、海岸带和海岛保护与利用规划并监督实施;组织实施海域使用许可和海域有偿使用制度;承担海域界线的勘定和管理工作;负责管辖海域海底电缆管道铺设的审核报批工作;负责综合协调海洋事务和各涉海部门、行业的海洋开发利用活动;负责海洋经济运行的有关工作。草拟全市海洋与渔业环境保护规划并组织实施;组织海洋与渔业水域环境的调查、监测、监视与评价;组织并核准海洋工程、涉渔工程环境影响评价,审核海岸工程环境影响评价;承担海洋工程建设项目排污费收缴、海洋倾废等污染防治工作;负责海洋与渔业污染事故的调查处理、生态损害赔(补)偿工作;监督管理海洋自然保护区和海洋特别保护区;组织开展海洋领域节能减排和应对气候变化工作;承担海洋观测、预报和评价的管理工作,组织编制海洋灾害和海平面公报;组织协调渔业紧急救灾和灾后生产恢复。
　　(四)渔业科
　　草拟全市渔业养殖、增殖、苗种生产、水产品加工业、海洋与渔业科技发展规划并组织实施;指导渔业捕捞生产,草拟渔业产业化和渔民专业合作组织发展的政策措施;负责水产种质资源管理,指导水产原良种场建设,组织实施养殖证和渔业苗种生产许可证制度;组织开展水生动物防疫检疫和水生动植物病害防控工作;指导水产品流通和对外经贸工作;拟订水产品质量标准和技术规范并组织实施,承担水产品质量安全监督管理工作;负责无公害水产品管理的有关工作,指导水产品品牌培育和质检体系建设;组织开展渔业节能减排工作;组织实施海洋基础与综合调查;组织实施海洋与渔业领域的高新技术和应用技术研究、成果转化和技术推广;负责海洋与渔业外事工作,监督执行海洋与渔业有关的国际公约、条约、协定;负责海外(远洋)渔业开发与管理工作。
　　四、人员编制
　　市海洋与渔业局机关编制总额16人。其中,行政编制14人,工勤人员编制2人。配备局长1名、副局长3名;内设机构科级领导职数5名。
　　五、其他事项
　　海洋与渔业部门管理海岸线以下海域和海岸线以上与潮间带相连的用于养殖的荒滩。