根据上述职责,市卫生局设6个职能科室。
　　(一)办公室
　　组织协调局机关日常工作;草拟局机关各项工作制度、工作计划;负责局机关文电、会务、督查、信访、综治、档案、机要、保密、信息宣传、安全生产、国有资产管理、政务公开、政策研究、综合性文稿起草和后勤管理工作。
　　(二)规划财务科(挂市卫生项目贷款办公室牌子)
　　草拟全市卫生事业发展规划,草拟区域卫生规划并组织实施,规划协调全市卫生资源配置;草拟卫生经济政策和卫生财务管理规章制度;承担全市卫生贷款项目管理工作;指导相关预算管理单位的财务、基本建设、政府采购工作;监督国有资产管理工作;草拟药品和医疗器械采购相关规范,管理大型医疗设备的配置及应用;提出市级医疗服务价格的政策建议,指导卫生服务价格管理工作;承担卫生统计与信息工作;指导基层卫生体系建设;负责卫生系统信息化建设工作;负责局机关财务管理工作。
　　(三)人事教育科
　　负责局机关和直属单位人事管理、机构编制、党群工作;负责局机关计划生育工作;负责局机关离退休人员的管理服务工作,指导直属单位离退休人员的管理服务工作;草拟全市医药卫生科技发展规划,组织实施全市重点医药科研攻关项目;指导医疗卫生技术推广和科学普及工作;承担卫生行业重点学科、重点实验室建设的有关工作;承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作;草拟全市卫生人才发展规划、政策并组织实施;组织指导卫生管理干部、卫生专业技术人员岗位培训工作;参与拟定医学教育发展规划,组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作;组织开展全市卫生系统对外援助和技术交流与合作,开展与港澳台的卫生技术交流与合作。
　　(四)医政与医疗服务监管科(挂中医药科、市保健委员会办公室牌子)
　　组织实施医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构等有关政策、规范、标准;承担实施执业医师、护士执业资格制度的有关工作;指导医院药事、医院感染控制、医疗急救体系建设等有关工作;草拟医疗机构医疗服务监管办法、方案;建立全市医疗机构医疗质量评价和监督体系,组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作;建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度,承担推进公立医院管理体制改革工作;参与药品、医疗器械临床试验管理。草拟全市中医药事业发展规划并组织实施;组织拟订全市有关中医药标准;草拟中医、中西医结合、民族医医疗和保健机构及其技术应用的管理规范、标准并组织实施;对其他医疗机构的中医业务进行指导;指导和组织实施农村卫生和社区服务中的中医药工作;承担中医医疗机构的准入管理工作;指导中医医疗机构有关药事工作;组织开展中医药师承教育、毕业后教育、继续教育和相关人才培训工作;承担中医药政策调查研究工作;承担中医药科学研究工作;组织开展中药资源普查,促进中药资源的保护、开发和合理利用;承担继承和发展中医药文化的有关工作。贯彻执行国家基本药物制度和国家药物政策,组织实施药品法典和国家基本药物目录;草拟全市基本药物采购、配送、使用的政策措施;会同有关部门提出基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策;承担基本药物制度宣传工作。草拟全市保健工作规划、政策并组织实施;承担市保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作;承担全市重要会议和重大活动的医疗卫生保健工作;承担重要外宾的医疗安排工作;承担市保健委员会的日常工作。
　　(五)疾病控制科(挂市卫生应急办公室牌子;卫生法制与监督科挂食品安全综合协调科牌子,与疾病控制科合署)
　　草拟疾病预防控制的政策;草拟全市重大疾病及公共卫生相关疾病的防治规划、全市免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施,完善重大疾病防控体系;承担突发公共事件的疾病预防控制工作;承担法定报告传染病疫情信息的有关工作;承担市地方病防治工作领导小组、市防治艾滋病工作委员会的日常工作。草拟全市卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施并组织实施;指导和组织突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动,对重大自然灾害、事故灾难、社会安全事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援;组织实施对突发急性传染病防控和应急措施;承担突发公共卫生事件应急处置信息的有关工作。承办相关行政复议、行政应诉工作;承担局机关规范性文件的合法性审核工作;组织开展卫生普法宣传工作;按职责分工承担职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生监督工作;承担公共场所和饮用水的卫生监督工作;承担消毒产品和涉及饮用水卫生安全产品监督管理的有关工作;承担传染病防治和全市国内交通卫生检疫监督管理工作;承担医疗市场监督管理工作,整顿和规范医疗服务市场秩序,查处重大医疗卫生违法案件。承担食品安全综合协调工作;依法组织查处食品安全重大事故的工作;依法及时上报重大食品安全信息。
　　(六)基层卫生与妇幼保健科(挂市农村合作医疗管理办公室牌子)
　　承担综合管理全市农村基本卫生保健工作,草拟有关规划、政策并组织实施;指导农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作;草拟全市妇幼卫生、社区卫生、健康教育相关规划、政策、规范并组织实施;草拟相关妇幼卫生技术标准;对妇幼保健实施监督管理,牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作;制定全市妇女、儿童多发病、常见病防治方案并组织实施;指导社区卫生服务体系建设工作;承担妇幼保健与生殖健康、社区卫生信息的有关工作。承担综合管理全市新型农村合作医疗工作,草拟有关规划、政策并组织实施。
　　四、人员编制
　　市卫生局机关编制总额23人。其中,行政编制21人,工勤人员编制2人。配备局长1名、副局长3名;内设机构科级领导职数8名(含机关专职党务干部职数1名)。
　　五、其他事项
　　(一)食品安全监管的职责分工。市卫生局牵头建立食品安全综合协调机制,负责食品安全综合监督,承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。市农业局负责农产品生产环节的监督管理。市质量技术监督局负责食品生产加工环节的监督管理。市工商行政管理局负责食品流通环节的监督管理。市食品药品监督管理局负责餐饮服务环节的监督管理。各部门要密切配合,形成合力,共同做好食品安全监管工作。
　　(二)食品生产、流通、餐饮服务环节许可工作监督管理职责分工。市卫生局负责提出食品生产、流通环节的卫生规范和条件以及纳入食品生产、流通许可条件的建议。市食品药品监督管理局负责餐饮服务环节许可的监督管理。市质量技术监督局负责食品生产环节许可的监督管理。市工商行政管理局负责食品流通环节许可的监督管理。不再发放食品生产、流通环节的卫生许可证。
　　(三)职业卫生监督管理职责分工。市卫生局负责对用人单位职业健康监护情况进行监督检查,负责职业卫生技术服务机构资质认定,规范职业病的预防、保健、检查和救治;负责职业卫生评价及化学品毒性鉴定工作。市安全生产监督管理局负责作业场所职业卫生的监督检查工作,负责职业卫生安全许可证的颁发管理,组织查处职业危害事故和有关违法违规行为。市卫生局和市安全生产监督管理局要按照职责分工,建立完善工作协调机制和信息资源共享机制,加强沟通配合,共同做好相关工作。