内设机构
　　根据上述职责,市水利局设7个职能科室。
　　(一)办公室
　　组织协调局机关日常工作;负责局机关文电、信息、宣传、档案、机要、保密、信访、督查、接待、会务、政务公开、综合治理、计划生育及综合性文稿起草工作。
　　(二)人事科(挂离退休人员管理科牌子)
　　负责局机关并指导直属单位的机构编制、人事管理和教育培训等工作;负责局机关离退休人员的管理服务工作,指导直属单位离退休人员的管理服务工作;指导水利行业职工队伍建设,承担全局精神文明和机关党建工作。
　　(三)财务审计科
　　编制部门预决算,提出水利财政预算资金安排建议;制定水利事业经费项目计划,对市级水利资金和水利国有资产进行监督管理;承办有关水利价格、收费、信贷、税收事宜;负责局机关财务管理工作;指导局属单位财务管理工作及行业内审工作。
　　(四)规划计划科
　　组织编制全市水利发展中长期规划和年度计划;组织草拟水中长期供求计划;承办全市大中型水利基建项目建议书和可行性报告的编制、审查工作;组织编制流域综合规划和专项规划,协调流域开发工作;负责水利方面的科技和外事工作;承办全市水利综合统计分析工作。
　　(五)水政法规科
　　草拟全市水利法制建设规划,研究提出有关水利方面的政策措施;组织草拟、审核有关规范性文件和改革方案;指导水政监察和水行政执法工作,承办县区间水事纠纷协调的有关工作;承办行政应诉、行政复议和普法教育工作;指导水利行政事业性收费的征收管理工作。
　　(六)农村水利科
　　草拟全市农村水利发展规划及政策措施;组织编制农田水利基本建设规划,指导全市农田水利基本建设;组织实施农村饮水、节水灌溉、村镇供水、农业综合开发水利项目的建设与管理;指导大中型灌区建设与管理工作;指导水利社会化服务体系建设和农村水利工程产权制度改革。
　　(七)水资源科(挂市节约用水办公室牌子)
　　组织实施取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度;组织水资源调查评价和检测工作;拟订全市水量分配方案、水功能区划并监督实施,指导水资源调度工作;组织编制水资源保护规划;指导饮用水水源保护、城乡供水水源规划,参与城市污水处理回用和雨洪资源开发利用等工作;指导地下水开发利用和管理保护工作;编制节约用水规划,制定有关标准,指导计划用水、节约用水和行业供水工作;负责新建、改建或者扩大排污口的审批工作;承担水资源保护的具体工作;负责办理开采矿泉水、地热水的取水许可工作。