内设机构
　　根据上述职责,市审计局设11个职能科室。
　　(一)办公室(人事教育科与其合署)
　　组织协调局机关日常工作;负责局机关文电、信息、宣传、档案、机要、保密、信访、督查、接待、会务、政务公开、综合治理、计划生育及综合性文稿起草工作;负责局机关和直属单位的财务和资产管理工作;草拟审计工作规划,安排年度审计项目计划,组织实施审计统计工作;受理有关举报事项。负责局机关和直属单位的党群、机构编制、人事管理、教育培训及离退休人员管理服务等工作;承办协管县区审计机关负责人的有关事项;组织指导各县区审计机关教育培训工作。
　　(二)法规科
　　起草审计规范性文件草案;审理复核有关审计业务事项;承担局机关规范性文件的合法性审核工作;送达市审计局审计结论性法律文书;督促被审计单位落实审计建议、执行审计决定;办理审计移送和申请法院强制执行事项;承担局机关行政复议、行政应诉事项;组织实施审计普法教育;负责对内部审计工作的管理和指导;指导各县区审计机关的法制工作。
　　(三)财政审计科
　　组织市级预算执行和其他财政收支情况审计;组织审计县区人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况;开展相关专项审计调查;指导各县区审计机关财政审计业务。
　　(四)行政事业审计科
　　负责审计有关市级机关(单位)及其直属单位的财务收支;开展相关专项审计调查;指导各县区审计机关行政事业审计业务。
　　(五)农业与资源环保审计科
　　负责审计市级主管部门和各县区人民政府管理的农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金;负责审计市级相关部门及其直属单位的财务收支;开展相关专项审计调查;指导各县区审计机关农业与资源环保审计业务。
　　(六)金融审计科
　　负责审计市属国有金融机构、市属专门从事长期股权投资或长期债权投资活动的国有企业和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益;开展相关专项审计调查;指导各县区审计机关金融审计业务。
　　(七)经济贸易审计科
　　负责审计市属国有企业和市政府规定的市属国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益;开展相关专项审计调查;指导各县区审计机关经贸和外资运用审计业务。
　　(八)社会保障审计科
　　负责审计市政府主管部门、各县区人民政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金、彩票公益金;负责审计市级相关部门及其直属单位的财务收支;开展相关专项审计调查;指导各县区审计机关社会保障审计业务。
　　(九)经济责任审计办公室
　　草拟全市经济责任审计的有关办法;承担县处级领导干部及依法属于市审计局审计监督对象的其他领导人员经济责任审计工作;指导各县区经济责任审计工作;承担市经济责任审计领导小组的具体工作。
　　(十)政府投资审计办公室
　　负责对市政府重点投资项目概(预)算、工程招投标、工程结算、竣工决算审计;负责国有资产管理、运营、变更的审计监督;开展相关的审计调查;指导全市政府投资审计业务。
　　(十一)东营开发区审计科(东营港开发区审计科与其合署)
　　负责对东营经济开发区管理委员会和东营港经济开发区管理委员会的财政财务收支、政府性融资平台资金的收支情况及市政府投资建设项目的审计监督。