内设机构
　　根据上述职责,市交通运输局设6个职能科室。
　　(一)办公室
　　组织协调局机关日常工作;负责局机关文电、信息、宣传、档案、机要、保密、信访、督查、接待、会务、政务公开、综合治理、计划生育及综合性文稿起草工作;组织协调处置突发事件。
　　(二)人事科
　　负责局机关和直属单位机构编制、人事管理等工作;指导交通运输行业人才队伍建设工作;负责实施交通运输行业职业资格制度的有关工作;承担局机关离退休人员的管理服务工作,指导直属单位离退休人员的管理服务工作;负责局党委的日常工作及局机关和直属单位的党务工作。
　　(三)财务科
　　监督实施交通运输有关规费政策;承担行业投融资的有关工作;承担公路通行费收费站点、内河船闸设置及公路通行费、内河船闸收费标准的申报工作;负责编制市级交通运输部门财政预算;承担交通专项资金、预决算、外汇、信贷有关工作;承担受委托管理和政府投资形成的有关国有资产监管工作;指导局直属单位财务和国有资产管理工作。
　　(四)规划基建科
　　组织编制全市综合运输体系规划,承担有关协调工作;草拟交通运输行业规划、计划并组织实施;参与拟订现代物流业发展规划;负责综合分析、预测行业经济运行情况,引导行业优化结构、协调发展;承担有关环境保护、利用外资、行业统计工作;负责公路、水路建设市场监管工作;监督实施公路、水路工程建设的相关制度和标准,组织协调公路、水路有关重点工程建设和工程质量监督管理工作;承担公路、水路重点工程设计的监督管理、施工许可、竣工验收工作;指导公路、水路基础设施管理和维护工作。
　　(五)法规教育科(挂交通执法监察科牌子)
　　组织起草交通运输规范性文件;草拟有关交通运输政策;承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作;承担相关交通运输行政执法的组织协调和监督工作;承担超限超载检测站点设置的申报工作;承办相关行政复议和行政应诉工作;指导行业有关体制改革工作。草拟公路、水路行业科技政策并监督实施,组织行业科技开发,推动技术进步;组织协调有关重大科研项目研究;承担有关标准、质量和计量工作;指导公路、水路行业节能减排工作;承担有关信息化建设工作;指导行业教育、培训工作。
　　(六)运输管理科(市交通战备办公室与其合署)
　　负责公路、水路运输市场监管工作,指导城市客运管理工作,草拟相关制度并监督实施;承担城市轨道交通运营管理的指导工作;协调道路、水路运输及城市客运与其他运输方式的衔接;承担现代物流业发展的有关工作;承担组织协调国家重点物资、紧急客货运输和节日运输的有关工作;草拟公路、水路安全生产政策、办法和应急预案并监督实施;指导有关安全生产和应急处置体系建设;承担有关公路、水路运输企业安全生产监管工作,组织或参与处理有关事故调查工作;指导公路、水路工程建设和维护的安全生产工作。负责全市交通战备工作;规划国防交通网络布局,草拟国防交通保障计划;承担国防运力动员、运力征用和交通战备器材管理工作;组织协调市内军事行动等重大活动的交通保障工作;承担抗震救灾、防汛等重大自然灾害的交通保障工作;承办市国防动员委员会的有关工作。