根据上述职责,市环境保护局设4个职能科室。
　　(一)办公室(政策法规科与其合署)
　　组织协调机关日常工作;承办文电、会务、督办、机要、保密、档案、信息、信访、政务公开、综合治理及综合性文稿起草等工作;组织综合性调研及重大专题调研;负责局机关及直属单位的党群、计划生育、纪检、精神文明建设和离退休人员服务管理工作;负责局机关、直属单位及派出机构的人事管理和机构编制工作;组织环保干部培训;承办对县环境保护部门领导干部的协管工作。负责环境保护法律、法规和规章执行情况的检查督导;组织草拟全市环境保护规范性文件;对涉及环境保护的规范性文件提出有关环境影响方面的意见;承担规范性文件的合法性审核工作;承担环境保护行政复议、行政应诉工作;组织开展全市环境保护执法检查活动;参与重大污染事故的查处和国家赔偿工作;指导全市的环境保护普法工作;负责环境保护国际合作与交流。
　　(二)规划财务科
　　组织编制全市环境保护规划;协调、审核环境保护专项规划;负责对环境监测工作的指导和管理,组织全市环境监测网站建设,组织编制全市环境状况公报和全市环境质量报告书;提出环境保护领域固定资产投资规模、方向和市级资金安排的意见;负责局机关、直属单位和派出机构财务、国有资产的管理和监督;负责全市排污费的汇总管理工作。
　　(三)污染防治科(环境安全应急管理科与其合署)
　　制定并组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治措施、办法,会同有关部门做好监督管理;组织实施排污许可证、污染源限期治理和达标排放等管理制度,指导污染防治示范工程建设;组织实施环境目标责任制、城市环境综合整治定量考核;负责污染治理资金的投放初审;指导、协调和监督海洋环境保护工作,监督管理海岸工程、陆源污染、拆船等海洋污染防治工作;组织实施危险废物转移联单制度;负责医疗废物集中处置活动的经营许可;按规定负责污染防治设施、场所关闭、闲置或拆除审批工作;按规定权限对废物进口申请提出审查意见;按规定权限对煤炭经营企业的储煤场地进行环保审查。承担环境安全应急管理工作;负责编制、修订突发环境事件应急预案并组织演练;负责突发环境事件信息通报,组织开展应急预警工作;牵头协调重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理;指导、协调各县区重特大突发环境事件的应急工作;负责应急处理处置设施建设和运行的监督;参与近岸海域和滩涂污染事故的调查及处理。
　　(四)环境影响评价科(生态科与其合署)
　　承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作;监督检查环境影响评价机构资质;负责对超出污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区,暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作;按规定开展建设项目竣工环境保护验收工作;承担环境保护科技工作;宣传贯彻各类国家、地方环境保护标准、基准和技术规范;组织协调环境保护科学研究与技术引进;管理环境保护科研项目和技术成果;指导和推动环境保护产业发展;参与指导和推动循环经济发展;负责对清洁生产实施监督;组织编制环境功能区划。监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作;监督检查各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作,协调、监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作;向市政府提出建设各类国家级、省级和市级自然保护区申报、审批建议;协调指导农村生态环境保护,监督生物技术环境安全,牵头生物物种(含遗传资源)工作,组织协调生物多样性保护;承担市生态市建设工作领导小组办公室的具体工作。
　　四、人员编制
　　市环境保护局机关编制总额17人。其中,行政编制15人,工勤人员编制2人。配备局长1名、副局长3名;内设机构科级领导职数7名。
　　五、派出机构
　　东营市环境保护局东营分局为市环境保护局派出机构,正科级,承担辖区内环境保护监督管理工作;核定机关编制9人,其中行政编制8人、工勤人员编制1人;配备局长1名、副局长3名。
　　东营市环境保护局河口分局为市环境保护局派出机构,正科级,承担辖区内环境保护监督管理工作;核定机关编制7人,其中行政编制6人、工勤人员编制1人;配备局长1名、副局长2名。
　　东营市环境保护局东营经济开发区分局为市环境保护局派出机构,正科级,受市环境保护局委托对辖区的环境保护工作实施统一监督管理;核定行政编制4人;配备局长1名、副局长1名。
　　东营市环境保护局东营港经济开发区分局为市环境保护局派出机构,正科级,受市环境保护局委托对辖区的环境保护工作实施统一监督管理;核定行政编制4人;配备局长1名、副局长1名。
　　六、其他事项
　　水污染防治与水资源保护的职责分工。市环境保护局对水环境质量和水污染防治负责,市水利局对水资源保护负责。两部门要进一步加强协调与配合,建立部门协商机制,定期通报水污染防治与水资源保护有关情况,协商解决有关重大问题。市环境保护局发布水环境信息,对信息的准确性、及时性负责。市水利局发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容,应与市环境保护局协商一致。