内设机构
　　根据以上职责任务，山东黄河三角洲国家级自然保护区管理局内设9个科室。
　　（一）办公室工作职责
　　1、协助局领导做好科室、单位综合协调工作;
　　2、负责局机关值班、公务接待、车辆管理、环境卫生、安全保卫、办公用品的购买发放等局机关日常工作；
　　3、承办局党组会议、局长办公会议、局务会议等会务工作；
　　4、负责制定局机关有关规章制度，并组织实施；
　　5、负责重要事项的督办和催办工作；
　　6、负责重要政务信息工作；
　　7、负责组织局机关综合性重要政务文稿的起草、公文处理、机要文件运转及档案管理和保密工作；
　　8、负责牵头组织年度综合考核工作；
　　9、负责受理来信来访工作；
　　10、负责局机关的社会治安综合治理、精神文明、计划生育和爱国卫生工作；
　　11、负责牵头组织办理人大建议和政协提案；
　　12、负责固定资产的登记、处置、变更与管理工作；
　　13、承办局领导交办的其他事项。
　　（二）人事科工作职责
　　1、负责局机构岗位设置及人员编制管理工作；
　　2、负责局机关及所属事业单位干部职工人事任免、职称评定、工人考工定级、劳动工资、社会保障和离退休人员管理服务等工作；
　　3、负责干部职工人事档案的收集、鉴别、整理、归档及人员调配手续的办理工作；
　　4、负责党风廉政和纪检方面的工作；
　　5、牵头组织局机关的政务公开工作；
　　6、负责组织干部职工教育培训和理论学习工作；
　　7、负责干部职工的年度考核工作；
　　8、承办局领导交办的其他事项。
　　（三）财务科工作职责
　　1、负责编制局机关年度财务预算、年终财务决算和财务分析报告；
　　2、负责局机关、黄河口管理站、大汶流管理站年度预算资金的审核、核算及管理工作，对一千二管理站财务管理工作进行监督检查；
　　3、负责专项资金的拨付、使用管理工作；
　　4、负责制定单位内部财务管理制度，并组织实施；
　　5、负责牵头组织建设工程的审计工作；
　　6、负责局机关财务公开工作；
　　7、负责局机关和黄河口管理站、大汶流管理站国有资产管理工作；
　　8、负责组织政府采购工作；
　　9、承办局领导交办的其他事项。
　　（四）项目规划科工作职责
　　1、负责牵头组织落实市委、市政府和黄河口生态旅游区管委会的有关决策事项；
　　2、负责组织旅游总体规划、功能区域控制性详规和重点项目旅游规划编制、论证、评审和报批工作，并组织实施；
　　3、负责区内旅游项目建设规划的审核；
　　4、负责区内旅游建设项目的组织实施；
　　5、负责旅游宣传推介招商工作；
　　6、承办局领导交办的其他事项。
　　（五）资源管理科（宣传教育科）工作职责
　　1、负责牵头组织自然保护区管理与发展规划的编制及具体办法和相关制度的制定，并组织实施；
　　2、负责办理区内征占用土地和海域的审核、审批和报批手续；
　　3、负责组织区内开发建设项目的环境评估、现场勘察，审核并办理相关审批、报批手续；
　　4、负责组织建设工程的招投标工作；
　　5、负责对管理站和区内生产经营单位资源保护管理业务的指导与监督；
　　6、负责指导管理站与自然保护区周边关系协调和社区共建工作；
　　7、负责拟定自然保护区宣传教育工作计划，并组织实施；
　　8、负责局机关及下属事业单位对外宣传、资料收集和整理工作，承担文明单位创建工作；
　　9、负责开展全局干部职工的业务培训；
　　10、承办局领导交办的其他事项。
　　（六）旅游开发科工作职责
　　1、负责旅游服务管理工作，拟定旅游服务管理制度，并组织实施；
　　2、负责收集汇总旅游有关旅游信息，做好统计分析工作；
　　3、负责监督检查旅游景区（点）的收费管理、市场秩序、环境卫生及旅游安全等工作；
　　4、负责受理游客对景区（点）的投诉，做好投诉处理工作；
　　5、负责牵头组织经济发展环境和行政效能方面的工作；
　　6、承办局领导交办的其他事项。
　　（七）执法监察科（政策法规科）工作职责
　　1、贯彻执行国家有关自然保护区的法律、法规和政策，负责自然保护区政策性文件的制定、审核和报批工作；
　　2、负责牵头组织自然保护区防火等安全生产工作；
　　3、负责建设项目手续完整性的监督检查；
　　4、负责协调有关部门依法对各类破坏资源环境等违法行为的处理，负责组织行政复议案件的办理工作；
　　5、负责对执法人员的监督管理，组织行政执法人员培训；
　　6、承办局领导交办的其他事项。
　　（八）黄河口湿地博物馆工作职责
　　1、贯彻落实国家有关环境及湿地保护的法律、法规和政策，充分发挥湿地博物馆的社会教育功能，传播和普及科学文化知识。
　　2、充分发挥对外窗口作用，提倡开放式办馆模式，广泛联系、联络、联合各社会团体，利用湿地博物馆这个平台，努力宣传和推介自然保护区，展示保护区良好形象。学习和借鉴国内外同类博物馆的办馆经验，努力打造国内知名、独具特色的湿地类型博物馆。
　　3、发挥博物馆作为黄河口生态旅游的重要景点职能，为生态旅游开发服务。
　　4、加强对现有馆藏物品的保管，并采取有效措施进一步丰富馆藏；做好博物馆的安全管理和卫生保洁工作。
　　5、负责对动植物标本的收集、鉴定、制作、维护等项业务工作。
　　6、开展形式多样的陈列展览和科普教育活动，为公众提供热情周到的讲解服务。
　　7、努力完成局领导交办的其它工作。
　　（九）科研站（鸟类环志中心）工作职责
　　1、负责组织编制自然保护区科研、鸟类环志规划和年度计划，并组织实施；
　　2、负责审批管理在自然保护区内从事科学研究、教学实习等科研活动；
　　3、负责组织开展科研项目、课题申报，并组织实施；
　　4、负责组织开展自然保护区动植物、土壤、气象、生态等方面的科学考察和研究，组织开展与国内外有关组织和单位的合作与交流工作；
　　5、负责牵头组织资源调查和环境监测，掌握动态变化情况，建立环境、资源档案；
　　6、负责科技情报、信息的收集、整理和分析工作；
　　7、负责动物疫源疫情监测，指导、督导林业病虫害防治工作；
　　8、负责牵头组织全局的应急管理工作；
　　9、承办局领导交办的其他事项。