(二)控制开发区
　　主要包括沿海岸线的浅海滩涂和高效生态农业区。综合开发利用滩涂资源，因地制宜发展农副产品生产和加工、观光休闲农业等产业，在资源环境承载能力相对较强的特定区域，适度发展低消耗、可循环、少排放的生态工业。
　　浅海滩涂。充分考虑区域生态环境脆弱的特点，适度发展养殖业，有序发展原盐业，加快发展滨海旅游业，大力发展海水淡化，合理开发滩海油田和风能，严禁发展污染严重的重化工业。
　　高效生态农业区。按照优质、高效的原则，着力发展生态农业，合理利用渔业林业畜牧业生产空间，促进农产品生产向优势产区集中，提高农业综合生产能力，严格保护基本农田，支持黄河三角洲荒碱地综合治理，有计划地对荒碱地进行开发治理及改造中低产田。到2015年，治理荒碱地100万亩，改造中低产田300万亩，发展节水灌溉面积250万亩。
黄河三角洲高效生态农业区
　　优质粮棉区。主要分布在乐陵、庆云、阳信、惠民、高青、邹平、博兴、广饶、利津等区域，品种布局以潮土类型区重点发展粮食生产，盐化潮土类型区重点发展棉花种植。
　　生态渔业区。主要分布在无棣、沾化、河口、利津、垦利、寿光、莱州等近海区域。
　　生态畜牧区。主要分布在利津、垦利、河口、沾化、惠民、阳信、寒亭、寿光、昌邑、乐陵、庆云、高青等区域。
　　绿色果蔬区。蔬菜产区主要分布在寿光、广饶、高青等区域，果品产区主要分布在乐陵、庆云、沾化、河口、寒亭、莱州、无棣、阳信等区域。
　　(三)核心保护区
　　主要包括自然保护区、水源地保护区和海岸线自然保护带。要严格限制各类开发建设活动，稳定生态系统结构，维持生物多样性等生态服务功能，构筑生态安全屏障。到2015年，核心保护区面积稳定在500万亩；2020年，达到550万亩左右。
　　自然保护区。要结合主体功能区规划编制，调整核定保护区面积，实行严格的环境保护制度，加大投入力度，完善保护区管理体制，引导人口有序转移，逐步恢复自然保护区生态原貌，实现污染物“零排放”，重点发展生态旅游业，适度开发绿色食品和立体林业。
　　水源地保护区。对河流源头、沿岸水源涵养区和水库库区实行强制性保护，加快实施流域综合治理，加强库区周边植被修复与保护，严禁发展有污染的产业，限制城镇建设和人口集聚。
　　海岸线自然保护带。合理划分海岸线功能，保护海域资源，实施集中集约用海，搞好浅海护养，加强人工造林，重点发展滨海旅游、生态旅游、绿色种植、健康养殖等产业。