根据省委、省政府批准的《东营市人民政府机构改革方案》(鲁委［2000］273号)和《中共东营市委、东营市人民政府关于东营市人民政府机构改革实施意见》(东发［2001］7号)，保留东营市环境保护局。市环境保护局是主管全市环境保护工作的市政府工作部门。
　　一、职能调整
　　(一)划出的职能
　　将制定全市环境保护产业政策和发展规划的职能，交由市经济贸易委员会承担，市环境保护局参与有关工作。
　　(二)划入的职能
　　原由市农业局承担的农村生态环境保护职能。
　　(三)增加的职能
　　1、管理和组织协调全市环境保护国际条约国内履约活动。
　　2、机动车污染防治监督管理职能。
　　3、生物技术环境安全职能。
　　4、协助各县党委管理县环境保护部门领导干部。
　　(四)转变的职能
　　将自然资源核算、环境保护科技项目推广、环境信息监测等技术性和事务性工作，交由事业单位承担。
　　二、主要职责
　　结合以上职能调整，市环境保护局的主要职责是：
　　(一)贯彻执行国家、省环境保护的方针政策和法律法规；研究拟定全市环境保护规范性文件；受市政府委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价；拟定全市环境保护规划；拟定和监督实施国家及省、市确定的重点区域、重点流域污染防治规划和生态保护规划；组织编制全市环境功能区划。
　　(二)组织实施大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等的污染防治法规和规章；对全市环境保护工作实施统一监督管理，指导、协调和监督全市海洋环境保护工作。
　　(三)监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、森林公园环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作。
　　(四)调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；协调邻市和市内地区间的环境污染纠纷；组织和协调市重点流域水污染防治工作；负责环境监理和环境保护行政稽查；组织开展环境保护执法检查活动。
　　(五)贯彻执行国家、省环境质量标准和污染物排放标准；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织编报全市环境质量报告书；发布全市环境状况公报；定期发布市区和重点流域环境质量状况；参与编制全市可持续发展纲要和规划。
　　(六)制定和组织实施各项环境管理制度；按照国家、省及市规定审核、审定开发建设活动环境影响报告书；指导城乡环境综合整治；负责农村生态环境保护；指导全市生态示范区建设和生态农业建设。
　　(七)组织环境保护科技发展创新、重大科学研究和技术示范工程；管理全市环境管理体系，监督环境标志认证；组织实施环境保护资质认可制度；指导和推动环境保护产业发展；指导清洁生产。
　　(八)负责全市环境监测、统计、信息工作；组织实施环境监测制度和规范；负责全市环境监测网和环境信息网的建设和管理；组织全市环境质量监测和污染源监督性监测；组织、指导和协调全市环境保护宣传教育工作；推动公众和非政府组织参与环境保护。
　　(九)开展环境保护国际交流与合作；参与协调我市有关环境保护国际活动；管理和组织协调全市环境保护国际条约国内履约活动；管理全市环境保护系统对外经济合作；协调与履约有关的利用外资项目；受市政府和省环境保护局委托处理涉外环境保护事务。
　　(十)负责全市放射源的使用、销售、运输、贮存和废弃处置安全的统一监管。贯彻执行国家、省地方性辐射法规标准；核发放射源安全许可证,并通报同级公安部门；负责全市放射源的使用、销售、贮存和废弃处置领域从事辐射安全关键岗位工作的专业技术人员的资格管理；负责放射性污染事故的应急、调查处理和定性定级工作；协助公安部门监控追缴丢失、被盗的放射源;组织开展放射源安全技术科学研究。
　　(十一)协助各县党委管理县环境保护部门领导干部。
　　(十二)负责东营区、河口区环境保护业务工作及东营经济开发区的环境保护管理工作。
　　(十三)负责本部门及部门职责范围内的安全工作。
　　(十四)承办市委、市政府交办的其他事项。
　　三、内设机构
　　根据以上职责，市环境保护局设4个科室。
　　(一)办公室(法制科与其合署，挂人事科牌子)
　　协助局领导组织协调机关日常工作，承办文秘、档案、保密、安全、信访、政务督查、综合治理及会议组织安排、综合性文稿起草等工作；负责重大环境污染事故和跨县(区)环境污染纠纷情况通报、联络等工作；负责局机关、直属单位及派出机构的党群、人事、劳动工资、计划生育、精神文明建设及离退休干部工作；组织环保业务培训；承办对县环境保护部门领导干部的协管工作。
　　负责环境保护法律法规、规章和方针政策执行情况的检查督导；组织草拟地方性环境保护规范性文件；负责环境保护行政处罚、行政复议、应诉和听证工作；组织环境保护执法检查；参与组织重大污染事故的查处和国家赔偿工作；组织开展环境宣传教育工作；负责环境保护国际合作与交流。
　　(二)规划与财务科
　　负责全市环境保护规划、计划和统计；参与编制城市总体规划中的环境保护内容；组织实施污染物排放总量控制；负责全市排污费的汇总、环境保护补助资金和污染源治理专项资金的管理；负责对环境监测工作的指导和管理，负责环境监测网站建设，组织编制全市环境状况公报和全市环境质量报告书；负责局机关、直属单位和派出机构财务、国有资产的管理和监督；组织协调本系统财务检查、审计工作。
　　(三)污染控制科(挂开发区环境保护管理科牌子)
　　组织实施大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品、机动车污染防治的法律法规和规章；组织实施排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理和达标排放等管理制度，指导污染防治示范工程建设；组织实施环境目标责任制、城市环境综合整治定量考核；负责污染治理项目治理方案的审查和污染治理资金的投放审核和报批；负责环境监理、环境保护行政稽查工作，组织重大环境污染事故的调查处理；统一监督管理东营经济开发区内的环境保护工作。按规定权限负责辖区建设项目的环境保护管理；负责辖区内污染源的监督管理；负责辖区内污染事故和纠纷的调查处理；负责辖区内生态环境保护。
　　(四)科技标准与开发监督科
　　组织协调环境保护科学研究与技术引进；负责环境科研规划、计划的制定并组织实施；管理环境保护科学技术成果，推动环境保护科学技术进步；负责建设项目环境影响评价报告书的审批和“三同时”(污染治理设施与主体工程同时设计、同时施工、同时运行)管理；负责电磁辐射及放射性污染防治工作；组织编制环境功能区划；贯彻执行国家、省环境保护行业标准和产业政策；指导和推动环保产业发展；指导清洁生产。负责农村生态环境保护，管理生物技术环境安全；指导生态示范区建设和生态农业建设；组织拟定生物多样性保护计划，负责对自然保护区、野生动植物保护、生物多样性保护、湿地环境保护的监督和指导；指导、协调和监督海洋环境保护工作，监督管理海岸工程、陆源污染、拆船等海洋污染防治工作，参与近岸海域和滩涂污染事故的调查及处理。
　　四、人员编制
　　市环境保护局机关编制总额16名，其中，行政编制13名，离退休工作人员编制1名，工勤人员编制2名。可配备局长1名，副局长3名；科级领导职数6名。
　　纪检、监察机构和人员编制按这次机构改革的有关规定执行。
　　五、派出机构
　　设立东营市环境保护局东营分局、东营市环境保护局河口分局。
　　(一)东营市环境保护局东营分局
　　1、主要职责
　　受市环境保护局委托，对辖区内(除东城及开发区)的环境保护工作实施统一监督管理。按规定权限负责建设项目的环境保护管理；负责污染源监督管理；负责污染事故和纠纷的调查和处理；负责对除油田主导产业外的所有污染企、事业及其他单位实施监理收费；负责生态环境保护。
　　2、人员编制
　　东营市环境保护局东营分局机关编制总额9名，其中，行政编制8名，工勤人员编制1名。可配备局长1名，副局长3名。
　　(二)东营市环境保护局河口分局
　　1、主要职责
　　受市环境保护局委托，对辖区内的环境保护工作实施统一监督管理。按规定权限负责建设项目的环境保护管理；负责污染源监督管理；负责污染事故和纠纷的调查和处理；负责对除油田主导产业外的所有污染企、事业及其他单位实施监理收费；负责生态环境保护。
　　2、人员编制
　　东营市环境保护局河口分局机关编制总额7名，其中，行政编制6名，工勤人员编制1名。可配备局长1名，副局长2名。